Suomen sisävesissä tavataan 34 alkuperäistä kalalajia ja 2 nahkiaislajia. Valtaosa tästä joukosta on sopeutunut elämään ainakin osan elinkiertoaan myös virtaavissa vesissä joko ravinnonhankinnan vuoksi tai vaeltaakseen edullisemmille talvehtimis- ja lisääntymisalueille. Seisovat ja virtaavat vedet ovat kiinteästi sidoksissa toisiinsa siten, että ainoastaan jokiympäristössä viihtyvän lajiston määrittely ei ole yksiselitteistä. Esimerkiksi taimenen elinkierto voi tapahtua joko osittain tai kokonaan joessa. Lajien esiintymiseen vaikuttaakin leviämishistorian lisäksi muun muassa veden laatutekijät, kuten happamuus, lämpötila ja happipitoisuus, sekä elinpaikkojen virtausolosuhteet ja suojaisuus.

Virtaavan veden lajisto ja erityisesti lohikalat ovat sopeutuneet suhteellisen alhaiseen veden lämpötilaan ja korkeaan happipitoisuuteen. Hapekasta vettä suosivat lohikalojen heimon kaloista erityisesti taimen, harjus, lohi ja puronieriä. Särkikaloista virtaavassa vedessä viihtyviä lajeja ovat esimerkiksi lähes koko maassa tavattavat salakka, seipi ja mutu. Huomattava osa koskiosuuksien kalabiomassasta voi koostua kivi- ja kirjoeväsimpuista sekä kivennuoliaisista. Merkittäviä suolaisesta vedestä makeaan veteen kutemaan vaeltavia lajeja ovat lohen ja taimenen lisäksi ympyräsuisiin kuuluva nahkiainen. Sen lähisukuista lajia, pikkunahkiaista, tavataan vain jokivesissä. Lisäksi yleisimmät kalamme hauki ja ahven, sekä lähes kaikentyyppisiin vesiin sopeutunut made, ovat varsin yleisiä myös virtaavissa vesissä.