Vesistöjen mikrobit, eli sienet ja bakteerit ja alkueläimet, hajottavat puroissa ja joissa olevaa kuollutta orgaanista ainesta, eli detritusta. Suurin osa detrituksesta koostuu kuolleista puiden lehdistä, mutta vesiin huuhtoutuu humusta, puiden oksia ja kaarnaa, maa- ja vesikasvien palasia, rihmamaisia leviä, sekä hyönteisten kuoria ja eläinten ulosteita.

Detritus hajoaa osittain mekaanisesti esimerkiksi virran, pohjakosketusten ja mineraalipartikkelien iskeytyminen seurauksena. Varsinainen karikkeen hajotustoiminta käynnistyy jo kuivalla maalla ja jatkuu vesiympäristössä ns. uuttumisvaiheena, jolloin lehdistä uuttuu pääosa lehtisolukkojen pelkistyneistä sokereista, polyfenoleista ja aminohapoista. Mikrobien karikkeen hajotus tapahtuu sekä pilkkomalla kasvisolukoita että erittämällä kemiallisia aineita solukoiden sisään.

Lehtikarikkeen ravinnepitoisuus vaikuttaa sen hajoamisnopeuteen: mitä enemmän ravinteita karike sisältää sitä nopeammin mikrobit sitä hajottavat. Mikrobien hajottamisnopeuteen vaikuttavat ravinteiden ohella myös karikkeen ligniinin ja myrkyllisten aineiden pitoisuudet sekä kovat suojarakenteet (esim. neulasten pinnalla oleva kutikula). Mikrobien osuus karikkeen hajoituksessa on huomattava ja ns. mikrobien ravintoverkossa (microbial loop) tapahtuvan orgaanisen aineen mineralisoinnilla voi olla suuri merkitys muulle jokieliöstölle. Kuinka paljon ja millä tavoin suuremmat kuluttajat hyödyntävät mikrobeja suorana energialähteenään, on vielä selvittämättä.