###################################################
### chunk number 1: 
###################################################
library(vegan)
data(dune)


###################################################
### chunk number 2: 
###################################################
m <- metaMDS(dune)


###################################################
### chunk number 3:  eval=FALSE
###################################################
## help(metaMDS)


###################################################
### chunk number 4: 
###################################################
m <- metaMDS(dune, previous=m)


###################################################
### chunk number 5: 
###################################################
m


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
plot(m)


###################################################
### chunk number 7: 
###################################################
plot(m, type="t")


###################################################
### chunk number 8: 
###################################################
m2 <- metaMDS(dune, dist="euclid")
m2


###################################################
### chunk number 9: 
###################################################
stressplot(m)
stressplot(m2)


###################################################
### chunk number 10: 
###################################################
plot(procrustes(m, m2))


###################################################
### chunk number 11: 
###################################################
ord <- rda(dune)
ord


###################################################
### chunk number 12: 
###################################################
plot(ord)
plot(ord, scal=1)
plot(ord, scal=3)
plot(ord, scal=-1)
plot(ord, scal=-2)
plot(ord, scal=2)


###################################################
### chunk number 13: 
###################################################
biplot(ord, scal=2)
biplot(ord, scal=-2)


###################################################
### chunk number 14: 
###################################################
sord <- rda(dune, scal=TRUE)
sord
plot(sord)
biplot(sord)


###################################################
### chunk number 15: 
###################################################
plot(procrustes(m, ord))
plot(procrustes(m2, ord))


###################################################
### chunk number 16: 
###################################################
mca = cca(dune)
mca


###################################################
### chunk number 17: 
###################################################
plot(mca)
plot(mca, scal=1)
plot(mca, scal=2)
plot(mca, scal=3)


###################################################
### chunk number 18: 
###################################################
plot(mca)
title(main = "Correspondence Analysis")


###################################################
### chunk number 19: 
###################################################
par(mar=c(4,4,1,1)+.1)
plot(mca)


###################################################
### chunk number 20: 
###################################################
plot(mca, type="n")
points(mca, display = "sites", col="blue", pch=16)
text(mca, col="red", dis="sp")


###################################################
### chunk number 21: 
###################################################
plot(mca, type = "n")
points(mca, display="sites")
abu <- colSums(dune)
ordilabel(mca, col="red", dis="sp", fill="peachpuff", priority=abu)


###################################################
### chunk number 22: 
###################################################
plot(mca, type = "n")
points(mca, display="sites", pch=23, col="red", bg="yellow")
orditorp(mca, dis = "sp", prio=abu, pch="+", pcol="gray")


###################################################
### chunk number 23: 
###################################################
ordipointlabel(mca)


###################################################
### chunk number 24:  eval=FALSE
###################################################
## orditkplot(mca)


###################################################
### chunk number 25:  eval=FALSE
###################################################
## pl <- ordipointlabel(mca)
## orditkplot(pl)


###################################################
### chunk number 26:  eval=FALSE
###################################################
## ordirgl(mca, size=3)


###################################################
### chunk number 27:  eval=FALSE
###################################################
## data(dune.env)
## attach(dune.env)
## orglspider(mca, Management)


###################################################
### chunk number 28:  eval=FALSE
###################################################
## orgltext(mca, dis="sp", col="yellow")


###################################################
### chunk number 29: 
###################################################
data(pyrifos)
example(pyrifos)


###################################################
### chunk number 30: 
###################################################
dca <- decorana(pyrifos)
dca


###################################################
### chunk number 31: 
###################################################
cap <- cca(pyrifos)
cap


###################################################
### chunk number 32: 
###################################################
plot(procrustes(cap, dca))
plot(procrustes(dca, cap, choices=1:2))


###################################################
### chunk number 33:  eval=FALSE
###################################################
## ordirgl(dca, size=3, col = as.numeric(dose))


###################################################
### chunk number 34:  eval=FALSE
###################################################
## orglsegments(dca, ditch)


###################################################
### chunk number 35: 
###################################################
ordixyplot(dca, form = DCA2 ~ DCA1 | dose, group=ditch, type="b")


###################################################
### chunk number 36: 
###################################################
plot(dca, dis="sp")


###################################################
### chunk number 37: 
###################################################
data(dune.env)
envfit(m, dune.env)
ef <- envfit(m, dune.env, perm=1000)
ef
ef2 <- envfit(m2, dune.env, perm=1000)
ef2


###################################################
### chunk number 38: 
###################################################
plot(m)
plot(ef, add=T, p.=0.05)
plot(m2)
plot(ef2, add=T, p.=0.05)


###################################################
### chunk number 39: 
###################################################
plot(m)
plot(envfit(m ~ Management, data=dune.env), add=TRUE)


###################################################
### chunk number 40: 
###################################################
attach(dune.env)
ordispider(m, Management, col="skyblue")
ordihull(m, Management, col="pink")
ordiellipse(m, Management)
ordiellipse(m, Management, kind="se", conf=0.95, col="red")


###################################################
### chunk number 41: 
###################################################
data(dune.env)
plot(m, dis="sites", type="t")
ef <- envfit(m ~ A1, dune.env)
plot(ef, add = TRUE)
attach(dune.env)
sf <- ordisurf(m, A1, add = TRUE)