### R code from vignette source 'sessio2.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: sessio2.Rnw:15-20
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par(mfrow=c(1,1))
options(width=72)
figset <- function() par(mar=c(4,4,1,1)+.1)
options(SweaveHooks = list(fig = figset))
options("prompt" = "R> ", "continue" = "+  ")


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### code chunk number 2: sessio2.Rnw:97-100
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library(vegan)
data(varespec)
data(varechem)


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### code chunk number 3: sessio2.Rnw:105-107
###################################################
str(varechem)
summary(varechem)


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### code chunk number 4: sessio2.Rnw:117-118
###################################################
plot(varechem, gap=0, panel=panel.smooth)


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### code chunk number 5: sessio2.Rnw:128-129
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varechem[3,7]


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### code chunk number 6: sessio2.Rnw:132-134
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varechem[2, c(3,1, 7)]
varechem[3:5, 7]


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### code chunk number 7: sessio2.Rnw:137-139
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varechem[2,]
varechem[,7]


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### code chunk number 8: sessio2.Rnw:142-144
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varechem[, "pH"]
varechem$pH


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### code chunk number 9: sessio2.Rnw:150-154
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m <- cca(varespec)
mm <- cca(varespec, varechem)
m
mm


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### code chunk number 10: sessio2.Rnw:162-163
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cca(varespec, varechem[, c("Al", "P", "K")])


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### code chunk number 11: sessio2.Rnw:172-173
###################################################
head(summary(mm))


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### code chunk number 12: sessio2.Rnw:190-191
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spenvcor(mm)


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### code chunk number 13: sessio2.Rnw:196-197
###################################################
plot(mm)


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### code chunk number 14: sessio2.Rnw:200-201
###################################################
plot(mm, display = c("lc","bp"))


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### code chunk number 15: sessio2.Rnw:209-211
###################################################
plot(mm, dis=c("wa","lc"))
ordispider(mm)


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### code chunk number 16: sessio2.Rnw:219-220
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plot(procrustes(m, mm))


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### code chunk number 17: sessio2.Rnw:225-227
###################################################
plot(m)
plot(envfit(m, varechem))


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### code chunk number 18: sessio2.Rnw:233-234
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cca(varespec ~  Al + P + K, data=varechem)


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### code chunk number 19: sessio2.Rnw:241-248
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data(dune)
data(dune.env)
str(dune.env)
summary(dune.env)
mdun <- cca(dune ~  Management + A1, dune.env)
mdun
plot(mdun)


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### code chunk number 20: sessio2.Rnw:267-271
###################################################
m1 <- cca(varespec ~ ., varechem)
m0 <- cca(varespec ~ 1, varechem)
m1
m0


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### code chunk number 21: sessio2.Rnw:295-296
###################################################
m <- step(m0, scope=formula(m1), test="perm")


###################################################
### code chunk number 22: sessio2.Rnw:305-306
###################################################
mback <- step(m1, test="perm")


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### code chunk number 23: sessio2.Rnw:318-320
###################################################
m <- ordistep(m0, scope = formula(m1))
m$anova


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### code chunk number 24: sessio2.Rnw:333-336
###################################################
vif.cca(m1)
vif.cca(m)
vif.cca(mback)


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### code chunk number 25: sessio2.Rnw:342-346
###################################################
m0 <- cca(dune ~  1, dune.env)
m1 <- cca(dune ~ ., dune.env)
m <- step(m0, scope=formula(m1), test="p")
m


###################################################
### code chunk number 26: sessio2.Rnw:355-356
###################################################
m <- update(m, . ~ . + Management)


###################################################
### code chunk number 27: sessio2.Rnw:362-364
###################################################
add1(m, scope=formula(m1), test="perm")
drop1(m, test="perm")


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### code chunk number 28: sessio2.Rnw:384-385
###################################################
anova(m)


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### code chunk number 29: sessio2.Rnw:402-403
###################################################
anova(m, by="term", permu=200)


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### code chunk number 30: sessio2.Rnw:411-412
###################################################
anova(m, by="mar")


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### code chunk number 31: sessio2.Rnw:416-417
###################################################
anova(m, by="axis", perm=500)


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### code chunk number 32: sessio2.Rnw:429-431
###################################################
m <- cca(dune ~ Management + Condition(Moisture + A1), data=dune.env)
m


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### code chunk number 33: sessio2.Rnw:436-437
###################################################
anova(m, by="term", perm=500)


###################################################
### code chunk number 34: sessio2.Rnw:442-443
###################################################
with(dune.env, anova(m, by="term", perm=500, strata=Moisture))


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### code chunk number 35: sessio2.Rnw:476-478
###################################################
mod <- varpart(dune, ~ Management, ~ A1 + Moisture, data = dune.env)
mod


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### code chunk number 36: sessio2.Rnw:496-498
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showvarparts(2)
showvarparts(3)


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### code chunk number 37: sessio2.Rnw:501-502
###################################################
plot(mod)


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### code chunk number 38: sessio2.Rnw:506-511
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ab <- rda(dune ~ Management, dune.env)
bc <- rda(dune ~ A1 + Moisture, dune.env)
abc <- rda(dune ~ Management + A1 + Moisture, dune.env)
a <- rda(dune ~ Management + Condition(A1 + Moisture), dune.env)
c <- rda(dune ~ A1 + Moisture + Condition(Management), dune.env)