### R code from vignette source 'sessio3.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: sessio3.Rnw:20-25
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par(mfrow=c(1,1))
options(width=72)
figset <- function() par(mar=c(4,4,1,1)+.1)
options(SweaveHooks = list(fig = figset))
options("prompt" = "R> ", "continue" = "+  ")


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### code chunk number 2: sessio3.Rnw:52-54
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library(vegan)
data(dune)


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### code chunk number 3: sessio3.Rnw:65-66
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d <- vegdist(dune)


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### code chunk number 4: sessio3.Rnw:108-109 (eval = FALSE)
###################################################
## par(mfrow=c(1,3))


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### code chunk number 5: sessio3.Rnw:114-115 (eval = FALSE)
###################################################
## par(mfrow=c(3,1))


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### code chunk number 6: sessio3.Rnw:118-119 (eval = FALSE)
###################################################
## par(mfrow=c(1,1))


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### code chunk number 7: sessio3.Rnw:122-123
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par(mar=c(3,4,1,1)+.1)


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### code chunk number 8: sessio3.Rnw:127-129
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csin <- hclust(d, method="single")
csin


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### code chunk number 9: sessio3.Rnw:132-133
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plot(csin)


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### code chunk number 10: sessio3.Rnw:138-139
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plot(csin, hang=-1)


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### code chunk number 11: sessio3.Rnw:143-147
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ccom <- hclust(d, method="complete")
plot(ccom, hang=-1)
caver <- hclust(d, method="aver")
plot(caver, hang=-1)


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### code chunk number 12: sessio3.Rnw:178-179
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vegemite(dune, caver)


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### code chunk number 13: sessio3.Rnw:195-201
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plot(csin, hang=-1)
rect.hclust(csin, 3)
plot(ccom, hang=-1)
rect.hclust(ccom, 3)
plot(caver, hang=-1)
rect.hclust(caver, 3)


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### code chunk number 14: sessio3.Rnw:213-215
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cl <- cutree(ccom, 3)
cl


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### code chunk number 15: sessio3.Rnw:222-223
###################################################
table(cl)


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### code chunk number 16: sessio3.Rnw:227-229
###################################################
table(cl, cutree(csin, 3))
table(cl, cutree(caver, 3))


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### code chunk number 17: sessio3.Rnw:245-246
###################################################
ord <- cmdscale(d)


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### code chunk number 18: sessio3.Rnw:254-255
###################################################
ordiplot(ord)


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### code chunk number 19: sessio3.Rnw:264-265
###################################################
ordihull(ord, cl)


###################################################
### code chunk number 20: sessio3.Rnw:273-277
###################################################
ordiplot(ord, dis="si")
ordihull(ord, cutree(caver, 3))
ordiplot(ord, dis="si")
ordicluster(ord, csin)


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### code chunk number 21: sessio3.Rnw:290-292
###################################################
ordiplot(ord, dis="si")
ordicluster(ord, caver)


###################################################
### code chunk number 22: sessio3.Rnw:295-297
###################################################
ordiplot(ord, dis="si")
ordicluster(ord, caver, prune=2)


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### code chunk number 23: sessio3.Rnw:314-315
###################################################
den <- as.dendrogram(caver)


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### code chunk number 24: sessio3.Rnw:325-327
###################################################
x <- scores(ord, display = "sites", choices = 1)
oden <- reorder(den, x)


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### code chunk number 25: sessio3.Rnw:330-334
###################################################
par(mfrow=c(2,1))
plot(den)
plot(oden)
par(mfrow=c(1,1))


###################################################
### code chunk number 26: sessio3.Rnw:338-339
###################################################
vegemite(dune, oden)


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### code chunk number 27: sessio3.Rnw:357-358
###################################################
mst <- spantree(d)


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### code chunk number 28: sessio3.Rnw:361-363
###################################################
ordiplot(ord, dis="si")
lines(mst, ord)


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### code chunk number 29: sessio3.Rnw:373-374
###################################################
plot(mst, type="t")


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### code chunk number 30: sessio3.Rnw:391-397
###################################################
plot(d, cophenetic(csin), asp=1)
abline(0, 1)
plot(d, cophenetic(ccom), asp=1)
abline(0, 1)
plot(d, cophenetic(caver), asp=1)
abline(0, 1)


###################################################
### code chunk number 31: sessio3.Rnw:410-413
###################################################
cor(d, cophenetic(csin))
cor(d, cophenetic(ccom))
cor(d, cophenetic(caver))


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### code chunk number 32: sessio3.Rnw:432-433
###################################################
data(dune.env)


###################################################
### code chunk number 33: sessio3.Rnw:437-438
###################################################
cl <- factor(cl)


###################################################
### code chunk number 34: sessio3.Rnw:444-445
###################################################
Moist <- with(dune.env, as.numeric(as.character(Moisture)))


###################################################
### code chunk number 35: sessio3.Rnw:448-449
###################################################
with(dune.env, as.numeric(Moisture))


###################################################
### code chunk number 36: sessio3.Rnw:456-457
###################################################
boxplot(Moist ~ cl, notch=TRUE)


###################################################
### code chunk number 37: sessio3.Rnw:469-470
###################################################
anova(lm(Moist ~ cl))


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### code chunk number 38: sessio3.Rnw:475-476
###################################################
anova(rda(Moist ~  cl))


###################################################
### code chunk number 39: sessio3.Rnw:485-486
###################################################
with(dune.env, table(cl, Management))


###################################################
### code chunk number 40: sessio3.Rnw:494-495
###################################################
library(labdsv)


###################################################
### code chunk number 41: sessio3.Rnw:500-501
###################################################
const(dune, cl)


###################################################
### code chunk number 42: sessio3.Rnw:504-505
###################################################
importance(dune, cl)


###################################################
### code chunk number 43: sessio3.Rnw:514-515
###################################################
mod <- indval(dune, cl)


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### code chunk number 44: sessio3.Rnw:518-519
###################################################
names(mod)


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### code chunk number 45: sessio3.Rnw:533-535
###################################################
mod$maxcls
mod$pval


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### code chunk number 46: sessio3.Rnw:540-541
###################################################
summary(mod)


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### code chunk number 47: sessio3.Rnw:546-547
###################################################
summary(mod, type = "long")


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### code chunk number 48: sessio3.Rnw:571-573
###################################################
ckm <- kmeans(decostand(dune, "hell"), 3)
ckm$cluster


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### code chunk number 49: sessio3.Rnw:576-578
###################################################
ordiplot(ord, dis="si")
ordihull(ord, ckm$cluster, col="red")


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### code chunk number 50: sessio3.Rnw:598-600
###################################################
ccas <- cascadeKM(decostand(dune, "hell"), 2, 15)
plot(ccas, sortq=TRUE)


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### code chunk number 51: sessio3.Rnw:646-648
###################################################
library(cluster)
cfuz <- fanny(d, 3, memb.exp=1.7)


###################################################
### code chunk number 52: sessio3.Rnw:652-653
###################################################
names(cfuz)


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### code chunk number 53: sessio3.Rnw:661-665
###################################################
ordiplot(ord, dis="si")
ordiplot(ord, dis="si", type="n")
stars(cfuz$membership, locatio=ord, draw.segm=TRUE, add=TRUE, scale=FALSE, len=0.1)
ordihull(ord, cfuz$clustering, col="blue")