Mitäs täältä löytyy?

Sivulla on pieniä hyötyohjelmia, jotka ovat tarkoitettu lähinnä erilaisiin tilastollisiin käsittelyihin, joita ei yleensä löydy valmiista tilastopaketeista. Ohjelmat on alunperin tehty niiden ohjelmoijien käyttöön, joten ne eivät välttämättä ole kovin käyttäjäystävällisiä, eikä niiden dokumentointi ole paras mahdollinen.

Eri ohjelmat on tehty varsin erilaisilla ohjelmointivälineillä. Suurin osa ohjelmista on tehty Visual Basic-ohjelmalla, jonka tekemät ohjelmat vaativat ajonaikaisen ohjelmakirjaston (VBRUN300.DLL), joka on vapaasti levitettävissä (tulossa myös 32-bittiset versiot, jotka eivät tarvitse ajonaikaista ohjelmakirjastoa).

Ohjelmat ovat pakattuja ZIP-tiedostoiksi, joten tarvitset niiden purkamiseen jonkun purkuohjelman.

Tarjolla ovat ohjelmia seuraaviin tarkoituksiin:


MANTEL

Mantelin (1967) ei-parametristä testiä käytetään kahden distanssimatrisiin (esimerkiksi geneettinen etäisyys ja maantieteellinen etäisyys) välisen korrelaation mittaamiseen. Ohjelma on esitelty tarkemmin esimerkiksi Manlyn "Statistics of natural selection" kirjassa (1985).

Tämä ohjelma on tehty Visual Basic 5.0 versiolla. Zipatussa tiedostossa on mukana kaikki tarvittava. Pura ohjelma johonkin tiedostoon ja aja SETUP.EXE ohjelma, jonka pitäisi asentaa ohjelma.

Ohjelmaa käynnoitettäessä tulee näkyviin matriisi, jonka kokoa voi säädellä 4- 100 populaation asti. Kirjoita yläosaan toinen ja alaosaan toinen distanssimatriisisi. Ohjelma kirjoittaa vastinparin asutomaattiseti. Diagonaaliset nollat saat kirjoitettua painamalla vastaavasta napista. Paina sitten napista Estimate, ja ohjelman pitäisi laskea korrelaatio + testisuure. Voit säilöä tulokset tiedostoon joko matriisien kanssa tai ilman.


DOWNLOAD

MANTEL.ZIP


BOXCOX

Usein ei-normaalisti jakaantunutta muuttujaa ei saada normaaliksi tai lähes sellaiseksi tavanomaisilla muunnoksilla (logaritmi, neliöjuuri, arcussini etc.). Tällaisissa tilanteissa kannattaa kokeilla Box-Cox -transformaatiota (ks. esim. Sokal & Rohlf), jonka lambda-parametrin estimointi saadaan iteroimalla.

Ohjelmalla BOXCOX voit iteroida Box-Cox transformaation lambda-parametrin yhdelle muuttujalle kerrallaan. Ohjelma on Windows-ohjelma ja tehty Visual Basicilla (ver. 3.0).


DOWNLOAD

BOXCOX.ZIP
VBRUN300.ZIP


NEGBIN

Negatiivisen binomijakauman klimppiutumisparmetrin k laskemiseen on kehitetty useita menetelmiä, joisa usein ei esitetä kuin yksinkertaisin (esim. Krebs: Ecological methodology). Se ei kuitenkaan ole kovin tarkka ja voi olla vinoutunut. Tarkempi menetelmä Blissin & Fisherin (Biometrics 1955) esittämä maximum likelihood-menetelmä.

NEGBIN-ohjelma estimoi k-parametrin Blissin & Fisherin menetelmällä, ja laskee myös sen kuinka alkuperäinen aineisto noudattaa negatiivista binomijakaumaa.


DOWNLOAD


LLOYD

Lloydin (1967: J. Anim. Ecol. 36: 1-30) laikuttaisuuden indeksiä mp on usein käytetty verrattaessa eri eliöpopulaatioiden aggregoitumisen astetta. Indeksi mittaa kuinka paljon yksilö on keskimäärin aggregoituneenpi verrattuna tilanteeseen, jossa populaatio olisi täysin satunnaisesti jakaantunut. Jos tutkimusruutujen koko ei ole vakio voidaan käyttää Wataneben (1988: Res. Pop. Ecol 30: 215-225) muunnosta Lloydin indeksistä. Indeksille ei ole kuitenkaan saatavissa luotettavuusrajoja.

LLOYD-ohjelma laskee Watanben muunnoksen mukaisen laikuttaisuuden asteen ja luotettavuusrajat sille käyttäen bootstrap-menetelmää (ks. Vehanen, Hyvärinen & Aspi, 1997: Fisher. Res, in press). Ohjelma on Windows-ohjelma ja tehty Visual Basicilla (ver. 3.0).


DOWNLOAD

LLOYD.ZIP
VBRUN300.ZIP


FISHER

Populaatikokojen ja eläinten eloonjäävyyksien arvioimiseen on kehitetty useita menetelmiä (ks. esim. Seber 1992: Biometrics). Eräs vanhimpia useaan merkitsemis- ja takaisinpyyntikertaan perustuvia menetelmiä on Fisherin & Fordin (1940, 1947) kehittämä. Fisher-Ford menetelmän heikkoutena on ettei populaatikokojen estimaateille ole kehitetty luottavuusarvoja (vaikka eloonjäävydelle kyllä onkin). Kuitenkin simulaatiotutkimuksissa Fisher-Ford-menetelmä on osoittutunut antavan tarkempia populaatiokoon estimaatteja verrattuna usein käytettyyn Jolly-Seberin menetelmään, joten joskus se voi olla kokeilemisen arvoinen. 

Vaikka populaatiokojen ja eloonjäävyyksien laskemiseen on saatavissa useita vapaassa levityksessä olevia ohjelmia/ohjelmistoja (niitä löytyy esimerkiksi täältä) ei Fisher-Ford -menetelmää käyttäviä ohjelmia ole tarjolla (tosin se on lupeissa uusimpaan POPAN-4 ohjelman versioon). FISHER.EXE-ohjelma estimoi populaatikokoja ja eloonjäävyydet Fisherin-Fordin menetelmällä. Saatavissä on tällä hetkellä vain DOS-versio (Qbasic).


DOWNLOAD

FISHER.ZIP
COMMBLUE.TXT