Neidonkenkä on rauhoitettu 1952. Metsähoitotoimet ovat hävittäneet neidonkengän lukuisilta paikoilta. Ei vielä tiedetä kykeneekö kasvi palaamaan entisille kasvupaikoille metsittymisen jälkeen. Myös pellonraivaukset ja rakentaminen on koitunut usean esiintymän tuhoksi. Nykyisin neidonkenkää uhkaavat keruu ja yritykset siirtää kasvi puutarhaan. Osa esiintymistä sijaitsee luonnonsuojelualueilla esim. Oulangan, Pyhätunturin ja Kolin kansallispuistoissa ja UKK- puistossa.